英雄传说零之轨迹及英雄传说零之轨迹特务支援科大楼有几层？

"英雄传说零之轨迹及英雄传说零之轨迹特务支援科大楼共有三层。"

"英雄传说零之轨迹与英雄传说零之轨迹特务支援科大楼共设有三层楼。"

在原文中，因为有连字符“以及”连接了两个相同的短语，所以在结尾处不需要再加逗号。“楼层数量未被详细透露”，可以改为“目前仍未公布具体的楼层数量”。

修改后的句子："英雄传说零之轨迹与英雄传说零之轨迹特务支援科大楼共设有三层楼。"

原句中提到“特务支援科大楼是一座庞大且复杂的建筑物”，但是在修改后句子中并没有明确说明特务支援科大楼是庞大的或复杂的建筑物，因此这里需要添加相应的信息，正确的说法应该是：“特务支援科大楼是一座庞大的建筑，其内部结构复杂，拥有多个区域和任务。”

修改后的句子："英雄传说零之轨迹与英雄传说零之轨迹特务支援科大楼共设有三层楼。"

原句中提到了“地下的停车场”，但是在修改后句子中并没有明确说明地下停车场的存在，因此这里需要添加相应的信息，正确的说法应该是：“特务支援科大楼内设有一个地下停车场。”